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Characteristics of plastid genomes in the genus Ceratostigma inhabiting arid habitats in China and their phylogenomic implications 期刊论文
BMC PLANT BIOLOGY, 2023, 卷号: 23, 期号: 1, 页码: 303
作者:  Zhao,Yu-Juan;  Liu,Jian;  Yin,Gen-Shen;  Gong,Xun
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Ceratostigma  Plastid genome  Comparative analysis  Interspecific relationship  Plumbaginaceae  COMPLETE CHLOROPLAST GENOME  MEKONG-SALWEEN DIVIDE  LIMONIUM-SINENSE  INVERTED REPEAT  SEQUENCE  EVOLUTION  DNA  PLUMBAGINACEAE  CONSEQUENCES  DIVERSITY  
Plastome evolution in the East Asian lobelias (Lobelioideae) using phylogenomic and comparative analyses 期刊论文
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 2023, 卷号: 14, 页码: 1144406
作者:  Li,Chun-Jiao;  Xie,Xin-Tong;  Liu,Hong-Xin;  Wang,Ruo-Nan;  Li,De-Zhu
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East Asian lobelias  plastomes  phylogenomic framework  highly divergent regions  positive selection  adaptive evolution  INVERTED REPEAT  HIGH-ALTITUDE  CAMPANULACEAE  GENOMES  SELECTION  EXPANSION  SEQUENCE  TOOLS  GENE  DNA  
自养种子植物IR丢失类群叶绿体基因组进化研究 学位论文
: 中国科学院大学, 2022
作者:  王子洵
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比较基因组学，IR丢失，叶绿体基因组，替换速率，结构变异  comparative genomics, plastid genome, inverted repeat (IR), structural variation, substitution rate  
Phylogenomic and comparative analyses of Coffeeae alliance (Rubiaceae): deep insights into phylogenetic relationships and plastome evolution 期刊论文
BMC PLANT BIOLOGY, 2022, 卷号: 22, 期号: 1, 页码: 88
作者:  Amenu, Sara Getachew;  Wei, Neng;  Wu, Lei;  Oyebanji, Oyetola;  Hu, Guangwan;  Zhou, Yadong;  Wang, Qingfeng
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Coffeeae alliance  Phylogenomic  Plastome  Plastome structural variations (PSVs)  Rubiaceae  COMPLETE CHLOROPLAST GENOME  CODON USAGE BIAS  INVERTED REPEAT  SEQUENCE  ALIGNMENT  GENE  SUBFAMILIES  CONTRACTION  ANGIOSPERMS  EXPANSION  
Plastome characteristics and species identification of Chinese medicinal wintergreens (Gaultheria, Ericaceae) 期刊论文
PLANT DIVERSITY, 2022, 卷号: 44, 期号: 6, 页码: 519-529
作者:  Xu, Yan-Ling;  Shen, Hao-Hua;  Du, Xin-Yu;  Lu, Lu
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DNA barcodes  Gene duplication  Plastome  Repeat sequences  Structural variation  CHLOROPLAST GENOME  PHYLOGENETIC ANALYSIS  INVERTED REPEAT  EVOLUTION  SEQUENCE  DNA  SOFTWARE  INSIGHTS  REARRANGEMENTS  ORGANIZATION  
Does IR-loss promote plastome structural variation and sequence evolution? 期刊论文
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 2022, 卷号: 13, 页码: 888049
作者:  Wang, Zi-Xun;  Wang, Ding-Jie;  Yi, Ting-Shuang
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plastid genome evolution  structural variation  inverted repeat region loss  substitution rate  comparative genomics  CHLOROPLAST GENOME SEQUENCE  INVERTED REPEAT  NUCLEOTIDE SUBSTITUTION  PHYLOGENETIC ANALYSIS  MOLECULAR EVOLUTION  NONCODING RNAS  RATES  REARRANGEMENTS  ORGANIZATION  CUPRESSOPHYTES  
Plastid NDH Pseudogenization and Gene Loss in a Recently Derived Lineage from the Largest Hemiparasitic Plant Genus Pedicularis (Orobanchaceae ) 期刊论文
PLANT AND CELL PHYSIOLOGY, 2021, 卷号: 62, 期号: 6, 页码: 971-984
作者:  Li,Xin;  Yang,Jun-Bo;  Wang,Hong;  Song,Yu;  Corlett,Richard T.;  Yao,Xin;  Li,De-Zhu;  Yu,Wen-Bin
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Hemiparasite  IR expansion  NA(D)H dehydrogenase-like complex  Orobanchaceae  Pseudogenization  Relaxation of selection  ACETYL-COA CARBOXYLASE  INVERTED REPEAT  LIFE-STYLE  ACCD GENE  EVOLUTION  GENOME  DIVERSITY  PHYLOGENY  SELECTION  INSIGHTS  
Comparative Chloroplast Genomes of Camellia Species 期刊论文
PLOS ONE, 2013, 卷号: 8, 期号: 8
作者:  Yang, Jun-Bo;  Yang, Shi-Xiong;  Li, Hong-Tao;  Yang, Jing;  Li, De-Zhu
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Bayesian Phylogenetic Inference  Multiple Sequence Alignment  Plastid Genomes  Inverted Repeat  Structural Organization  Nicotiana-tabacum  Vascular Plants  High-throughput  Dna  Theaceae