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Differences in pseudogene evolution contributed to the contrasting flavors of turnip and Chiifu, two Brassica rapa subspecies 期刊论文
PLANT COMMUNICATIONS, 2023, 卷号: 4, 期号: 1, 页码: 100427
作者:  Yin,Xin;  Yang,Danni;  Zhao,Youjie;  Yang,Xingyu;  Zhou,Zhili;  Sun,Xudong;  Kong,Xiangxiang;  Li,Xiong;  Wang,Guangyan;  Duan,Yuanwen;  Yang,Yunqiang;  Yang,Yongping
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turnip genome  comparative genomics  pseudogene evolution  GSL biosynthesis  flavor  Brassicaceae lineage -specific polyploidization events (whole  WHOLE-GENOME TRIPLICATION  PHYLOGENETIC ANALYSIS  GLUCOSINOLATE CONTENT  ARABIDOPSIS  IDENTIFICATION  OLERACEA  EXPRESSION  SEQUENCE  ORIGIN  DIVERSIFICATION  
Comparative chloroplast genome analysis of Citrus (Rutaceae) species: Insights into genomic characterization, phylogenetic relationships, and discrimination of subgenera 期刊论文
SCIENTIA HORTICULTURAE, 2023, 卷号: 313, 页码: 111909
作者:  Shi,Wenbo;  Song,Weicai;  Liu,Jin;  Shi,Chao;  Wang,Shuo
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Citrus  Plastid genomics  Genomic structure  Sequence variation  Molecular markers  Phylogeny  Taxonomy  HORT. EX TANAKA  GENETIC DIVERSITY  MOLECULAR PHYLOGENY  SPACER REGION  JEJU ISLAND  SEQUENCE  DNA  ORIGIN  TAXONOMY  AURANTIOIDEAE  
Chromosome-level genome assembly of Murraya paniculata sheds light on biosynthesis of floral volatiles 期刊论文
BMC BIOLOGY, 2023, 卷号: 21, 期号: 1, 页码: 142
作者:  Yang,Tianyu;  Yin,Xin;  Kang,Haotong;  Yang,Danni;  Yang,Xingyu;  Yang,Yunqiang;  Yang,Yongping
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Murraya paniculata  Citrus species  Comparative genomics  Transposon  Flower volatiles  Phenylacetaldehyde  CITRUS  SYSTEM  RETROTRANSPOSONS  IDENTIFICATION  EVOLUTION  ALIGNMENT  PROVIDES  
RAD-sequencing improves the genetic characterization of a threatened tree peony (Paeonia ludlowii) endemic to China: Implications for conservation 期刊论文
PLANT DIVERSITY, 2023, 卷号: 45, 期号: 5, 页码: 513-522
作者:  Zhao,Yu-Juan;  Yin,Gen-Shen;  Gong,Xun
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Conservation  Fragmentation  Genetic structure  Genetic variation  Paeonia  RAD-sequencing  HABITAT FRAGMENTATION  POPULATION-STRUCTURE  GENOMICS  CONSEQUENCES  DIVERSITY  SOFTWARE  FLOW  CHALLENGES  INFERENCE  DISTANCE  
基于牛角瓜基因组解析其种子纤维发育和镉胁迫响应的机理 学位论文
: 中国科学院大学, 2022
作者:  杨景雅
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牛角瓜，基因组，比较基因组，纤维发育，镉胁迫，分子机制  Calotropis, Genomics, Comparative genome, Fiber development, Cadmium stress, Molecular mechanism.  
构建多组学数据分析流程用于挖掘黄草乌生物碱合成相关基因 学位论文
: 中国科学院大学, 2022
作者:  任焕幸
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二萜生物碱  Diterpenoid alkaloids  比较基因组学  Comparative genomics  权重基因共表达网络  Weighted gene co-expression network  最小生成树  Minimum spanning tree  代谢网络  Metabolic network  
自养种子植物IR丢失类群叶绿体基因组进化研究 学位论文
: 中国科学院大学, 2022
作者:  王子洵
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比较基因组学，IR丢失，叶绿体基因组，替换速率，结构变异  comparative genomics, plastid genome, inverted repeat (IR), structural variation, substitution rate  
Evolutionary innovations through gain and loss of genes in the ectomycorrhizal Boletales 期刊论文
NEW PHYTOLOGIST, 2022, 卷号: 233, 期号: 3, 页码: 1383-1400
作者:  Wu,Gang;  Miyauchi,Shingo;  Morin,Emmanuelle;  Kuo,Alan;  Drula,Elodie;  Varga,Torda;  Kohler,Annegret;  Feng,Bang;  Cao,Yang;  Lipzen,Anna;  Daum,Christopher;  Hundley,Hope;  Pangilinan,Jasmyn;  Johnson,Jenifer;  Barry,Kerrie;  LaButti,Kurt;  Ng,Vivian;  Ahrendt,Steven;  Min,Byoungnam;  Choi,In-Geol;  Park,Hongjae;  Plett,Jonathan M.;  Magnuson,Jon;  Spatafora,Joseph W.;  Nagy,Laszlo G.;  Henrissat,Bernard;  Grigoriev,Igor V.;  Yang,Zhu-Liang;  Xu,Jianping;  Martin,Francis M.
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Boletales  brown-rot fungi  CAZymes  comparative genomics  ectomycorrhizal fungi  trait evolution  R/BIOCONDUCTOR PACKAGE  PHYLOGENETIC ANALYSIS  HOST-SPECIFICITY  FUNGI  GENUS  DIVERSITY  
Demographic history and identification of threats revealed by population genomic analysis provide insights into conservation for an endangered maple 期刊论文
MOLECULAR ECOLOGY, 2022, 卷号: 31, 期号: 3, 页码: 767-779
作者:  Ma,Yongpeng;  Liu,Detuan;  Wariss,Hafiz Muhammad;  Zhang,Rengang;  Tao,Lidan;  Milne,Richard,I;  Sun,Weibang
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Acer yangbiense  deleterious mutation  demographic history  framework on conservation genomics  resequencing  run of homozygosity  GENETIC DIVERSITY  YUNNAN PROVINCE  ACER-YANGBIENSE  LAKE ERHAI  R PACKAGE  SELECTION  PLANT  SIZE  CLIMATE  TREE  
Does IR-loss promote plastome structural variation and sequence evolution? 期刊论文
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 2022, 卷号: 13, 页码: 888049
作者:  Wang, Zi-Xun;  Wang, Ding-Jie;  Yi, Ting-Shuang
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plastid genome evolution  structural variation  inverted repeat region loss  substitution rate  comparative genomics  CHLOROPLAST GENOME SEQUENCE  INVERTED REPEAT  NUCLEOTIDE SUBSTITUTION  PHYLOGENETIC ANALYSIS  MOLECULAR EVOLUTION  NONCODING RNAS  RATES  REARRANGEMENTS  ORGANIZATION  CUPRESSOPHYTES