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Differences in pseudogene evolution contributed to the contrasting flavors of turnip and Chiifu, two Brassica rapa subspecies 期刊论文
PLANT COMMUNICATIONS, 2023, 卷号: 4, 期号: 1, 页码: 100427
作者:  Yin,Xin;  Yang,Danni;  Zhao,Youjie;  Yang,Xingyu;  Zhou,Zhili;  Sun,Xudong;  Kong,Xiangxiang;  Li,Xiong;  Wang,Guangyan;  Duan,Yuanwen;  Yang,Yunqiang;  Yang,Yongping
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turnip genome  comparative genomics  pseudogene evolution  GSL biosynthesis  flavor  Brassicaceae lineage -specific polyploidization events (whole  WHOLE-GENOME TRIPLICATION  PHYLOGENETIC ANALYSIS  GLUCOSINOLATE CONTENT  ARABIDOPSIS  IDENTIFICATION  OLERACEA  EXPRESSION  SEQUENCE  ORIGIN  DIVERSIFICATION  
Chromosome-level genome assembly of Murraya paniculata sheds light on biosynthesis of floral volatiles 期刊论文
BMC BIOLOGY, 2023, 卷号: 21, 期号: 1, 页码: 142
作者:  Yang,Tianyu;  Yin,Xin;  Kang,Haotong;  Yang,Danni;  Yang,Xingyu;  Yang,Yunqiang;  Yang,Yongping
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Murraya paniculata  Citrus species  Comparative genomics  Transposon  Flower volatiles  Phenylacetaldehyde  CITRUS  SYSTEM  RETROTRANSPOSONS  IDENTIFICATION  EVOLUTION  ALIGNMENT  PROVIDES  
基于牛角瓜基因组解析其种子纤维发育和镉胁迫响应的机理 学位论文
: 中国科学院大学, 2022
作者:  杨景雅
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牛角瓜，基因组，比较基因组，纤维发育，镉胁迫，分子机制  Calotropis, Genomics, Comparative genome, Fiber development, Cadmium stress, Molecular mechanism.  
构建多组学数据分析流程用于挖掘黄草乌生物碱合成相关基因 学位论文
: 中国科学院大学, 2022
作者:  任焕幸
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二萜生物碱  Diterpenoid alkaloids  比较基因组学  Comparative genomics  权重基因共表达网络  Weighted gene co-expression network  最小生成树  Minimum spanning tree  代谢网络  Metabolic network  
自养种子植物IR丢失类群叶绿体基因组进化研究 学位论文
: 中国科学院大学, 2022
作者:  王子洵
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比较基因组学，IR丢失，叶绿体基因组，替换速率，结构变异  comparative genomics, plastid genome, inverted repeat (IR), structural variation, substitution rate  
Evolutionary innovations through gain and loss of genes in the ectomycorrhizal Boletales 期刊论文
NEW PHYTOLOGIST, 2022, 卷号: 233, 期号: 3, 页码: 1383-1400
作者:  Wu,Gang;  Miyauchi,Shingo;  Morin,Emmanuelle;  Kuo,Alan;  Drula,Elodie;  Varga,Torda;  Kohler,Annegret;  Feng,Bang;  Cao,Yang;  Lipzen,Anna;  Daum,Christopher;  Hundley,Hope;  Pangilinan,Jasmyn;  Johnson,Jenifer;  Barry,Kerrie;  LaButti,Kurt;  Ng,Vivian;  Ahrendt,Steven;  Min,Byoungnam;  Choi,In-Geol;  Park,Hongjae;  Plett,Jonathan M.;  Magnuson,Jon;  Spatafora,Joseph W.;  Nagy,Laszlo G.;  Henrissat,Bernard;  Grigoriev,Igor V.;  Yang,Zhu-Liang;  Xu,Jianping;  Martin,Francis M.
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Boletales  brown-rot fungi  CAZymes  comparative genomics  ectomycorrhizal fungi  trait evolution  R/BIOCONDUCTOR PACKAGE  PHYLOGENETIC ANALYSIS  HOST-SPECIFICITY  FUNGI  GENUS  DIVERSITY  
Does IR-loss promote plastome structural variation and sequence evolution? 期刊论文
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 2022, 卷号: 13, 页码: 888049
作者:  Wang, Zi-Xun;  Wang, Ding-Jie;  Yi, Ting-Shuang
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plastid genome evolution  structural variation  inverted repeat region loss  substitution rate  comparative genomics  CHLOROPLAST GENOME SEQUENCE  INVERTED REPEAT  NUCLEOTIDE SUBSTITUTION  PHYLOGENETIC ANALYSIS  MOLECULAR EVOLUTION  NONCODING RNAS  RATES  REARRANGEMENTS  ORGANIZATION  CUPRESSOPHYTES  
Transcriptome Profiling Reveals Differential Gene Expression of Secreted Proteases and Highly Specific Gene Repertoires Involved in Lactarius-Pinus Symbioses 期刊论文
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 2021, 卷号: 12, 页码: 714393
作者:  Tang,Nianwu;  Lebreton,Annie;  Xu,Wenjun;  Dai,Yucheng;  Yu,Fuqiang;  Martin,Francis M.
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genomics  evolution  milkcap mushrooms  proteases  host-specificity  BASIDIOMYCETE HEBELOMA-CYLINDROSPORUM  LACCARIA-BICOLOR  ECTOMYCORRHIZAL FUNGI  COMPARATIVE GENOMICS  PROTEIN  IDENTIFICATION  PLANT  MECHANISMS  MUSHROOM  LECTIN  
Nuclear phylotranscriptomics and phylogenomics support numerous polyploidization events and hypotheses for the evolution of rhizobial nitrogen-fixing symbiosis in Fabaceae 期刊论文
MOLECULAR PLANT, 2021, 卷号: 14, 期号: 5, 页码: 748-773
作者:  Zhao,Yiyong;  Zhang,Rong;  Jiang,Kai-Wen;  Qi,Ji;  Hu,Yi;  Guo,Jing;  Zhu,Renbin;  Zhang,Taikui;  Egan,Ashley N.;  Yi,Ting-Shuang;  Huang,Chien-Hsun;  Ma,Hong
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Fabaceae  Leguminosae  nuclear phylogeny  divergence times  whole-genome duplication  rhizobial nodulation  COMPARATIVE GENOMICS  PHYLOGENETIC PERSPECTIVES  EARLY DIVERSIFICATION  PENALIZED LIKELIHOOD  ANCESTRAL POLYPLOIDY  MOLECULAR EVOLUTION  LOTUS-JAPONICUS  ANALYSES REVEAL  GENE  LEGUMINOSAE  
Phylogeny of the Styracaceae Revisited Based on Whole Plastome Sequences, Including Novel Plastome Data from Parastyrax 期刊论文
SYSTEMATIC BOTANY, 2021, 卷号: 46, 期号: 1, 页码: 162-174
作者:  Yan,Ming-Hui;  Li,Chun-Yang;  Fritsch,Peter W.;  Cai,Jie;  Wang,Heng-Chang
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Morphological and molecular evidence  non-coding regions  Parastyrax lacei  systematics  COMPARATIVE CHLOROPLAST GENOMICS  MOLECULAR EVOLUTION  DNA  FAMILY  BIOGEOGRAPHY  ASTERACEAE  CONFLICT  ERICALES  REVEALS  POACEAE