通过磷脂脂肪酸(Phospholipid fatty acid,PLFA)生物标记法对云南省香格里拉县的高山栎林和高山松林内的松茸菌塘和非菌塘的土壤微生物群落进行对比分析,结果显示:1)菌塘内的优势菌群主要包括真菌(18:2ω6,9c、18:1ω9c、18:3 w6c(6,9,12))、革兰氏阴性菌(19:0 cyclo w8c)、革兰氏阳性菌(15:0 iso)和未被鉴定的PLFAs(16:0、17:1 anteiso B、18:1 w6c、16:1 w6c和18:0);2)从群落组成上看,菌塘内的真菌百分含量、真菌/细菌生物量比(F/B)显著高于非菌塘,而革兰氏阴性菌(GNB)和革兰氏阳性菌(GPB)的百分含量,以及总PLFAs均匀度(J)均低于非菌塘;3)从群落结构上看,土壤微生物群落在菌塘和非菌塘间、以及不同林型间均存在显著差异,且菌塘对群落结构的影响大于林型;4)无论是在群落组成还是群落结构上,林型均不与菌塘存在交互作用,即松茸菌塘的土壤微生物群落特征不随宿主森林类型而发生改变;5)土壤化学性质与林型密切相关,但与菌塘关系不明显。上述结果表明,菌塘内的土壤微生物群落组成和结构与非菌塘有所不同,且在两种林型中表现相似。