一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法

	一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法
	赵磊; 李洪涛; 李德铢
	2018-10-09
申请号	CN201811174710.0
公开（公告）号	CN109411014A
专利权人	中国科学院昆明植物研究所
公开日期	2019-03-01
摘要	本发明是基于二代测序数据(如：Illumina平台)对植物叶绿体全基因组数据进行组装并构建成环的一种方法。本发明所提供的方法首先运用了数据过滤软件Trimmomatic、组装软件SPAdes和MASHMAP软件，然后利用ChloroplastCircle工具包，并结合Perl脚本语言编程实现整个植物叶绿体全基因组组装、成环的数据流过程。通过大量实验证明，本发明所提供的方法能够快速的、准确的、批量的、自动的完成植物叶绿体全基因组的组装和成环。目前，本发明在10，000个植物叶绿体全基因组项目中已经实施，取得了良好的效果。
其他摘要	1.一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法，其特征在于该方法包括如下步骤：用二代测序Illumina平台对总DNA(包括核DNA，叶绿体DNA和线粒体DNA)样品进行测序,每个样品测序2G；用数据过滤软件Trimmomatic对原始数据进行处理，除去接头和低质量的reads，得到clean reads；用SPAdes对clean reads进行多个kmer从头组装，构建Scaffolds；用拟南芥叶绿体基因组中的4Kb序列作为库，然后用组装后的Scaffolds序列作为query，做BLASTN操作；用ChloroplastCircle工具包中的parse_blastnToScaffold.pl脚本解析BLASTN结果，得到bitscore最大分值的那条Scaffolds序列；用最大分值的Scaffolds序列再次BLAST一些完整的叶绿体基因组库，这些叶绿体基因组序列可从NCBI上下载，或用户自己提供；用ChloroplastCircle工具包中的parse_blastnToReference_Genome.pl脚本进行解析，得到与目标Scaffolds最近缘的某个物种的叶绿体全基因组参考序列；用MASHMAP软件把组装后的所有Scaffolds序列向叶绿体参考基因组序列上mapping，在参考基因组上定位；最后利用ChloroplastCircle工具包中的parse_MashMap.pl脚本对mapping到参考基因组的Scaffolds进行连接、并且用没有mapping上的Scaffolds进行补洞，最终成环，达到NCBI数据库的上传标准。
文献类型	专利
条目标识符	http://ir.kib.ac.cn/handle/151853/67760
专题	中国西南野生生物种质资源库
作者单位	中国科学院昆明植物研究所
第一作者单位	中国科学院昆明植物研究所
推荐引用方式 GB/T 7714	赵磊,李洪涛,李德铢. 一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法[P]. 2018-10-09.