KIB OpenIR  > 中国西南野生生物种质资源库
一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法
赵磊; 李洪涛; 李德铢
2018-10-09
Application NumberCN201811174710.0
Open (Notice) NumberCN109411014A
Rights Holder中国科学院昆明植物研究所
Date Available2019-03-01
Abstract本发明是基于二代测序数据(如:Illumina平台)对植物叶绿体全基因组数据进行组装并构建成环的一种方法。本发明所提供的方法首先运用了数据过滤软件Trimmomatic、组装软件SPAdes和MASHMAP软件,然后利用ChloroplastCircle工具包,并结合Perl脚本语言编程实现整个植物叶绿体全基因组组装、成环的数据流过程。通过大量实验证明,本发明所提供的方法能够快速的、准确的、批量的、自动的完成植物叶绿体全基因组的组装和成环。目前,本发明在10,000个植物叶绿体全基因组项目中已经实施,取得了良好的效果。
Other Abstract1.一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法,其特征在于该方法包括如下步骤:用二代测序Illumina平台对总DNA(包括核DNA,叶绿体DNA和线粒体DNA)样品进行测序,每个样品测序2G;用数据过滤软件Trimmomatic对原始数据进行处理,除去接头和低质量的reads,得到clean reads;用SPAdes对clean reads进行多个kmer从头组装,构建Scaffolds;用拟南芥叶绿体基因组中的4Kb序列作为库,然后用组装后的Scaffolds序列作为query,做BLASTN操作;用ChloroplastCircle工具包中的parse_blastnToScaffold.pl脚本解析BLASTN结果,得到bitscore最大分值的那条Scaffolds序列;用最大分值的Scaffolds序列再次BLAST一些完整的叶绿体基因组库,这些叶绿体基因组序列可从NCBI上下载,或用户自己提供;用ChloroplastCircle工具包中的parse_blastnToReference_Genome.pl脚本进行解析,得到与目标Scaffolds最近缘的某个物种的叶绿体全基因组参考序列;用MASHMAP软件把组装后的所有Scaffolds序列向叶绿体参考基因组序列上mapping,在参考基因组上定位;最后利用ChloroplastCircle工具包中的parse_MashMap.pl脚本对mapping到参考基因组的Scaffolds进行连接、并且用没有mapping上的Scaffolds进行补洞,最终成环,达到NCBI数据库的上传标准。
Document Type专利
Identifierhttp://ir.kib.ac.cn/handle/151853/67760
Collection中国西南野生生物种质资源库
Affiliation中国科学院昆明植物研究所
First Author Affilication中国科学院昆明植物研究所
Recommended Citation
GB/T 7714
赵磊,李洪涛,李德铢. 一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法[P]. 2018-10-09.
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