KIB OpenIR  > 中国西南野生生物种质资源库
基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文)
赵磊 ; Zachary LARSON-RABIN ; 陈斯云 ; 郭振华
2012
发表期刊植物分类与资源学报
期号5页码:487-501
摘要利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA-Seq短序列数据;比较了8个(ABySS;Velvet;SOAPdenovo;Oases;Trinity;Multiple-k;T-IDBA and Trans-ABySS)转录组从头组装软件。结果显示;在基于单一k-mer和多重k-mer方法的两类软件中;Trinity和Trans-ABySS分别表现出最好的组装性能;而其它软件性能比较接近。我们还发现基于多重k-mer比单一k-mer可以组装获得更多的总碱基数目;但是即使利用最好的多重k-mer组装软件;所获得的数据质量也比研究人员所期望的要低。鉴于此;我们提出了"ETM"优化方法;将多重k-mer方法组合到Trinity中;使其在具有最好的组装性能的基础上兼具了多重k-mer的优势;测试结果显示了该方法具有一定的优越性。我们的研究结果为用户选择合适的软件提供了依据;对推动基于高通量Illumina测序的转录组研究具有重要意义。
关键词高通量 二代测序 转录组 从头组装 优化
资助信息The National Natural Science Foundation of China(30990244);;the Knowledge Innovation Project of the Chinese Academy of Sciences(KSCX2-YW-N-067);;the Scientific Research Foundation for the Returned Overseas Chinese Scholars,State Education Ministry and the Young Academic and Technical Leader Raising Foundation of Yunnan Province(2008PY065);;a Chinese Academy of Sciences Young International Scientist Fellowship(awarded to Zachary Larson-Rabin);;Yunnan Provincial Government through an innovation team program
收录类别cscd
语种中文
引用统计
文献类型期刊论文
条目标识符http://ir.kib.ac.cn/handle/151853/15874
专题中国西南野生生物种质资源库
推荐引用方式
GB/T 7714
赵磊,Zachary LARSON-RABIN,陈斯云,等. 基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文)[J]. 植物分类与资源学报,2012(5):487-501.
APA 赵磊,Zachary LARSON-RABIN,陈斯云,&郭振华.(2012).基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文).植物分类与资源学报(5),487-501.
MLA 赵磊,et al."基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文)".植物分类与资源学报 .5(2012):487-501.
条目包含的文件
文件名称/大小 文献类型 版本类型 开放类型 使用许可
2012011832.pdf(1675KB) 开放获取--请求全文
个性服务
推荐该条目
保存到收藏夹
查看访问统计
导出为Endnote文件
谷歌学术
谷歌学术中相似的文章
[赵磊]的文章
[Zachary LARSON-RABIN]的文章
[陈斯云]的文章
百度学术
百度学术中相似的文章
[赵磊]的文章
[Zachary LARSON-RABIN]的文章
[陈斯云]的文章
必应学术
必应学术中相似的文章
[赵磊]的文章
[Zachary LARSON-RABIN]的文章
[陈斯云]的文章
相关权益政策
暂无数据
收藏/分享
所有评论 (0)
暂无评论
 

除非特别说明,本系统中所有内容都受版权保护,并保留所有权利。