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题名: 基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文)
作者: 赵磊 ; Zachary LARSON-RABIN ; 陈斯云 ; 郭振华
刊名: 植物分类与资源学报
关键词: 高通量 ; 二代测序 ; 转录组 ; 从头组装 ; 优化
中文摘要: 利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA-Seq短序列数据;比较了8个(ABySS;Velvet;SOAPdenovo;Oases;Trinity;Multiple-k;T-IDBA and Trans-ABySS)转录组从头组装软件。结果显示;在基于单一k-mer和多重k-mer方法的两类软件中;Trinity和Trans-ABySS分别表现出最好的组装性能;而其它软件性能比较接近。我们还发现基于多重k-mer比单一k-mer可以组装获得更多的总碱基数目;但是即使利用最好的多重k-mer组装软件;所获得的数据质量也比研究人员所期望的要低。鉴于此;我们提出了"ETM"优化方法;将多重k-mer方法组合到Trinity中;使其在具有最好的组装性能的基础上兼具了多重k-mer的优势;测试结果显示了该方法具有一定的优越性。我们的研究结果为用户选择合适的软件提供了依据;对推动基于高通量Illumina测序的转录组研究具有重要意义。
出版日期: 2012
期号: 5, 页码:487-501
语种: 中文
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内容类型: 期刊论文
URI标识: http://ir.kib.ac.cn/handle/151853/15874
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赵磊;Zachary LARSON-RABIN;陈斯云;郭振华.基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化(英文),植物分类与资源学报,2012,(5):487-501
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