Knowledge Management System of Kunming Institute of Botany,CAS
| 二穗短柄草中节段式重复的研究 | |
王宁
| |
| 导师 | 高立志 |
| 关键词 | 节段式重复 二穗短柄草 适应性进化 结构变异 |
| 摘要 | 节段式重复(SD，segmental duplication)，又称低拷贝重复(LCR, low copy repeat), 是指相似度大于90%，长度大于1kb的DNA片段，广泛存在于真核生物动植物基因组中。这些序列相似度高，常成簇排列在染色体的不稳定性区域，增加了基因组的复杂性，对基因组的组装是个重要挑战。研究表明，大片段重复与人类多种疾病及植物抗逆关系密切，并在人类基因组进化中起重要作用。 \n 本研究采用全基因组鸟枪序列鉴定法(WSSD, whole genome shotgun sequences detection) 和全基因组组装比较法(WGAC, whole genome analysis comparison)对二穗短柄草(Brachypodium distachyon)全基因组中SDs进行预测。基于测序深度(read-depth)的分析原理，利用WSSD法将109x的短reads比对到参考基因组上，共获得451个片段重复事件，覆盖基因组的7.582 Mb，占基因组的2.78%。在SD区域共注释出304个基因，在细胞调控、信号转导、核酸结合等功能类型中富集，并对植物抗逆有重要作用。基于基因组组装的研究策略，利用WGAC法在二穗短柄草全基因组组装序列中鉴定出9559对SD的区域，其中，5.11% (13.854/271.14Mb)染色体内的重复；14.06% (38.12/271.14Mb)染色体间的重复。此外，1.77% (4.803/271.14Mb) 的序列相似度在98%以上，表明大部分片段是近期重复事件的结果。 \n本研究对二穗短柄草中全基因组范围内的节段式重复进行了描述，对SD的含量、染色体组成及其相关功能基因进行了分析，为短柄草乃至整个禾本科的基因组进化分析及重要功能基因研究提供了有价值的信息。 |
| 语种 | 中文 |
| 2016 | |
| 学位授予单位 | 中国科学院大学 |
| 学位名称 | 硕士 |
| 文献类型 | 学位论文 |
| 条目标识符 | http://ir.kib.ac.cn/handle/151853/75690 |
| 专题 | 昆明植物所硕博研究生毕业学位论文 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 王宁. 二穗短柄草中节段式重复的研究[D]. 中国科学院大学,2016. |
| 条目包含的文件 | ||||||
| 文件名称/大小 | 文献类型 | 版本类型 | 开放类型 | 使用许可 | ||
| 201228010615019.pdf（3089KB） | 学位论文 | 限制开放 | CC BY-NC-SA | 请求全文 | ||
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